以清水舞臺為人熟知的本堂,是寬永十年(西元一六三三年)由德川家光寄贈重建。本堂有一座打造成十三公尺高、突出懸崖外的舞臺,以櫸木柱子從下方支撐,這種建築結構稱為「縣造」。以榫卯相接的柱子不使用任何一根釘子,只要組裝起來就再也不會散開的特殊結構又稱為「地獄組」,接合得非常密實。
日語中形容對事物不顧一切地豁出去時,會說「抱定從清水舞臺跳下去的決心」。這是因為,從前人們相信只要從舞臺上跳下去仍倖存,心願就會實現,所以經常有人從這座清水舞臺往下跳。明治時代之後,跳清水舞臺的人依然前仆後繼,導致曾有一段時期,寺方在舞臺邊設了防止人們往下跳的竹柵欄。明治五年(西元一八七二年),政府明令禁止跳清水舞臺,這種情形才逐漸消失。「只要向觀音菩薩許願,往下跳也不會有事」的想法,顯示出人們對清水寺的觀音信仰有多深厚。